科教融合医学院的主承办单位为中国科学院干细胞与再生医学创新研究院/动物研究所，共建单位包括中国科学院微生物研究所、北京基因组研究所、生物物理研究所、遗传与发育生物学研究所、上海营养与健康研究所、上海免疫与感染研究所、分子细胞科学卓越创新中心、武汉病毒研究所、昆明动物研究所、广州生物医药与健康研究院等。医学院实行党委领导、理事会指导下的院长负责制。通过与干细胞与再生医学创新研究院/动物研究所等培养单位的科教融合，建立由院长、副院长、教研室主任组成的教育管理体系。
